机构设置
甘肃省体育科学研究所共设5个内设机构:
(一)办公室
附设:党务纪检室、财务室。

负责单位党建、党风廉政等党务工作;进行日常管理及群团工会工作;承担单位人事和机构编制、职称管理、教育培训、财务、后勤及安全保卫工作。

(二)反兴奋剂中心

 1.开展甘肃省反兴奋剂中心能力建设、制度建设和人才培养等系统性工作。
 2.开展全省兴奋剂风险防控体系建设;梳理省内反兴奋剂工作情况;排查使用兴奋剂风险点;明确联合培养和国家队集训等运动员的反兴奋剂责任;做好本省管辖运动员和辅助人员的背景调查工作。
 3.组织实施全省反兴奋剂工作;包括反兴奋剂教育、行踪信息、委托检查、治疗用药豁免、违规调查和三品防控等;推进全链条、全周期的反兴奋剂工作。 
 4.开展全省反兴奋剂工作调研、监督和评估。
 5.开展反兴奋剂科研工作;积极参与和承担国家体育主管部门、国家反兴奋剂机构和我省体育主管部门的反兴奋剂科研课题。 
 6.承担国家体育主管部门、国家反兴奋剂机构和我省体育主管部门交办的其他反兴奋剂工作。
 7.在我省体育主管部门领导下,结合实际情况切实履行反兴奋剂工作职责。

(三)情报信息中心

代管:学会办公室。
负责体育信息研究工作。开展竞技体育相关信息的收集、整理和研究;建立健全体育信息数据库,优化单位网站建设;负责《体育信息》资料的编撰工作。负责体育科学学会办公室工作,开展学术交流、培训、咨询等工作,共同完成《西部体育研究》的编发工作。
(四)群众体育研究中心
附设:运动处方门诊部。
负责群众体育研究工作。加强对抗亚健康、延长健康寿命、促进疾病康复等科学健身及运动方法的研究,面向大众开展运动处方的制定、指导应用及咨询服务;承担国家国民体质监测任务,负责我省国民体制监测及体质测定网络建设;开展与群众体育相关的调查研究。
(五)竞技体育研究中心
附设:反兴奋剂办公室、科技管理办公室。
负责竞技体育研究工作。开展运动训练基础及应用研究;加强高原-亚高原训练方法及实践的研究;开展运动营养与恢复、康复研究;参与组织实施兴奋剂检查,负责组织开展反兴奋剂宣传教育、培训等工作;负责体科所科技管理、重点实验室建设;负责运动员选材育才、机能评定、专业培训等工作,开展科研攻关与科技服务工作;完成优秀体育后备人才培育、培养的科技支撑工作。
(六)科技创新中心
    负责研究开发体育科技产品,探索新兴科技产品功能及用途,为省级优秀运动队(员)和全民健身人群提供更加完善的科技服务。